Quiz : le microbiote humain et ses rôles

Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes (bactéries surtout, mais aussi archées, levures et virus) qui vivent dans un milieu donné de l’organisme : intestin, peau, bouche, voies respiratoires, vagin. Le plus abondant est le microbiote intestinal, concentré dans le côlon : il compte des dizaines de milliers de milliards de bactéries, un nombre du même ordre que celui de nos cellules, réparties en plusieurs centaines d’espèces chez chaque individu. Le sang et les tissus internes sains en sont normalement dépourvus.

Le microbiote se met en place principalement à la naissance et dans les premiers mois de vie : il dépend du mode d’accouchement, de l’allaitement, puis de la diversification alimentaire. Il se stabilise vers 2 à 3 ans, mais reste propre à chacun et évolue avec l’alimentation, l’âge, l’environnement et les médicaments.

L’humain et son microbiote entretiennent une relation à bénéfices réciproques, un mutualisme (ou symbiose) : l’hôte fournit un milieu stable et des nutriments, et le microbiote rend plusieurs services. Il dégrade des fibres alimentaires que nos enzymes digestives ne savent pas digérer et produit des acides gras à chaîne courte utilisés par nos cellules. Il synthétise certaines vitamines, comme la vitamine K et des vitamines du groupe B.

Il exerce aussi un effet barrière : en occupant l’espace et les ressources, il limite l’installation de micro-organismes pathogènes. Enfin, il participe à la maturation du système immunitaire, qui développe une tolérance vis-à-vis de ces bactéries.

Un déséquilibre durable de la composition du microbiote est appelé dysbiose. Il peut être provoqué par un traitement antibiotique, qui élimine aussi des bactéries bénéfiques, ou par une alimentation pauvre en fibres. La dysbiose est associée à diverses pathologies, et l’étude de ces liens est un domaine de recherche actif. La transplantation de microbiote fécal, qui transfère le microbiote d’un donneur sain, est déjà utilisée pour traiter les infections intestinales récidivantes à Clostridioides difficile.